Тривалий час в історичній літературі і краєзнавчих дослідженнях фортеці Богородицька і Новобогородицька вважалися різними об'єктами. Першу пов'язували з початком міста Новомосковська, а залишки укріплень другої в різних довідниках вказувалися на території селища Шевченко м. Дніпропетровська. У літописі Самійла Величко, який тривалий час служив у гетьманській канцелярії і був сучасником описуваних подій досить докладно йдеться про план великих государів побудувати на р. Самарі місто для утримання в ньому зброї, продовольства, фуражу та інших, необхідних для організації походу в Крим припасів. З цією метою гетьману І.С.Мазепі від імені царів була надіслана грамота з розпорядженням ранньою весною 1688 виступити в похід щоб на прикордонних з Гетьманщиною запорізьких землях біля старовинного козацького містечка Самар спорудити фортецю.
Похід козацьких полків з Гетьманщини до містечка Самар розпочався відразу ж після того, як з'явилося досить трави для випасу коней і волів. Туди ж з невеликим військом рушив російський воєвода Л. Р. Неплюєв. Відомий історик XIX ст. М. І. Костомаров у монографії «Мазепа» пише: «З ранньої весни 1688 взялися за побудову містечок згідно статті договору, затвердженого на виборчій раді. Найважливіший з цих містечок на березі Самари розпочато було у березні, а закінчено до серпня того ж року. Хто безпосередньо будував Богородицьку (Новобогородицьку) фортецю? М. І. Костомаров на підставі історичних джерел стверджує, що царський уряд планував здійснити будівництво руками українського поспільства (селян і міщан) ближніх полків Гетьманщини, але гетьман І.Мазепа врахував, що не можна селян і міщан відривати від літніх польових робіт, а тому набрав козаків з шести полків. Роботою зайнято було до двадцяти тисяч рук. Містечко це було розташоване на російській стороні річки Самари вище Вільного Броду і нижче іншого броду, званого Піщаного». Тобто, фактично фортеця будували руками козаків Гетьманщини під проводом гетьмана Мазепи. Ще раз скористаємося свідченням сучасника описуваних подій літописця С.Величко: «Його будувало впродовж всього тодішнього літа за розпорядженням та під наглядом інженера-німця, присланого з Москви, виключно козацьке військо, і, як годиться, зробило все і міцно уфортифікувало, а військо Неплюєва те місто не будувало». Будівельником фортеці був голландський інженер-полковник фон-Залін (Фонзалін). Акцентуємо на цьому увагу тому, що в 1988 р. керівні органи м.Новомосковська, всупереч запереченням місцевих краєзнавців і майже таємно від вчених і краєзнавців обласного центру, організували фальшивий 300-річний ювілей свого міста. І «закріпили» дату заснування міста (1688 р.) часом будівництва Богородицької фортеці і заклали пам'ятний камінь біля козацького Троїцького собору, а на камені вибито слова з відписки воєводи Л.Р.Неплюева царям: «Ми, холопи твої ...» Таким чином, і дата фальшива, і будівельниками фортеці представлені інші люди. У серпні 1688 будівництво фортеці було, в основному, завершено. В середині площі, утвореної кріпаками валами, була «побудована
дерев'яна церква в ім'я Живоносного Джерела Пресвятої Богородиці, чому й містечко назване було Новобогородицьке ». Крім церкви, в фортеці були й інші споруди: двір для воєводи, 260 просторих хат, 2 порохових погреби, 1 льодовик і 1 лазня, рубана, а також 17 розкатів гарматних, 17 плетених сараїв для полкових припасів, у тому числі 3 сараї з Байдачних дощок; 7 дворів з шістьма хатами (у тому числі дві світлиці) гетьмана Мазепи, генеральної старшини та полковників. Із зовнішнього боку фортеці інженером-полковником Фонзаліним «призначений був особливий посад і навколо посада зроблена була валова фортеця з сімнадцятьма «висновками». Навколо фортеці був «викопаний рів, шириною з одного боку від поля, пів на третю, з іншого - 1,5 сажня, глибиною від річки Самари 1,5 сажнів і стільки ж з іншого боку: на проїздах цієї фортеці пороблені були рови бруковані; через рови накинуті мости з надовбнями, а внизу палі вбиті дерев'яні. Кругом та фортеця валова мала 1641 сажнів. Саме місто навколо мало земляного окопу 600 сажнів, в підошві 18 сажнів, висота його валів до щита містила в собі 2 сажня; висота щита ззовні 0,5 сажня, зсередини 1 сажень, глибина рову - 3 сажні».
У фортеці повинен був знаходитися воєвода з військом і служиві люди: дяк, піддячий, аптекар, голова. Усім їм призначалося грошова і хлібна (жито, борошно, сухарі, риб'ячий жир, пшоно, сіль, вівсяне борошно або толокно, крупа гречана) платня.
За своїм прямим призначенням Богородицька (Новобогородицька) фортеця була використана вже наступної весни. Другий Кримський похід почався в березні 1689 року. Враховуючи свої заслуги у спорудженні фортеці, гетьман І.Мазепа в 1700 році просив царя Петра I віддати «під його регіменту» (управління) місто Новобогородськ з усіма жителями, за винятком службових людей, яких пропонував «вивести в інші міста». Однак фортеця залишилася в воєводському управлінні. В 1703 р. у зв'язку з вимогою запорожців зруйнувати фортеці в їх володіннях на Січ був посланий стольник Ф.Протасєв з грамотою.
Після Полтавської битви, зазнавши поразки, шведи та їх союзники-лівобережні і запорізькі козаки, вцілілі після кривавої битви, виявилися в Молдавії, яка тоді була васалом Османської імперії. Після смерті І.Мазепи, в Бендерах гетьманом було обрано П.Орлика. Російський цар Петро I зробив невдалий бойовий похід в Молдавію. Але змушений був укласти мирний договір з Османською імперією. І в обмін на дозвіл вивести з Молдавії свої війська з артилерією та обозом цар погодився на повернення туркам Азова та знищення фортець на півдні, побудованих для боротьби з татарами і турками. У список, які підлягають руйнуванню фортець, поряд з Кодаком і Кам'яним Затоном, потрапила і Богородицька (Новобогородицька) фортеця. За указом Петра I в тому ж 1711 м. Богородицька фортеця була зруйнована.
Відродження Богородицької (Новобогородицької) фортеці відноситься до часу російсько-турецької війни 1735-1739 рр.. Приєднання до Росії Криму в 1783 р. і остаточне підпорядкування Північного Причорномор'я усунуло потреба в існуванні фортець. А перенесення будівництва губернського міста на високий правий берег Дніпра на місці козацької слободи Половиці остаточно визначило долю Богородицької (Новобогородицької) фортеці. Вона поступово руйнувалася, як і місце будівництва Катеринослава-1. Однак вона залишилася частиною нашої історії. Як сама фортеця, так і більш древнє містечко Самар і пізніший Катеринослав-1-повинні вивчатися за архівними та археологічними даними, а залишки укріплень - зберігатися.