Об’єктами музейного комплексу є будинок і аптека, які споруджені М.І. Пироговим у 1866 році, та церква-некрополь, будівництво якої завершено у 1885 році. З 1882 року тут покоїться набальзамоване тіло М.І. Пирогова.
Про садибу Вишня відомо небагато.
Свою назву вона отримала від річки Вишня.
З 1816 року господарем садиби був доктор медицини А.А. Гриколевський, у спадкоємців якого М.І. Пирогов купив її на торгах у Києві 1859 року, працюючи на посаді попечителя Київського учбового округу.
М.І. Пирогов за порівняно короткий час упорядкував занедбане господарство. Було споруджено півтораповерховий будинок, аптеку, господарські будівлі, посаджено фруктовий сад, березовий гай. Однак основним заняттям Пирогова залишалась лікарська справа. До чудесного лікаря, як його називали, приїздили хворі з Москви, Петербурга, Поволжя, Уралу, усього південно-західного краю. М.І. Пирогов робив складні як на той час хірургічні операції, які мали гарні результати.
Зі своєї садиби Вишня М.І. Пирогов тричі виїздив. В 1862-1866 рр. він керував підготовкою молодих вчених у професорському інституті в Німеччині. 1870 року М.І. Пирогов як представник Товариства Червоного Хреста виїздив на франко-прусську війну, а 1877 – на російсько-турецьку.
Помер М.І. Пирогов 23 листопада (5 грудня н.с.) 1881 року. На четвертий після його смерті тіло було набальзамовано петербурзьким лікарем Д.І. Виводцевим.