Музей славетного вченого, творця воєнно-польової хірургії, талановитого лікаря і педагога розміщений у мальовничому і одному з найпривабливіших куточків Поділля, на Вінниччині, у його садибі Вишня. Природа щедро обдарувала садибу своїми красотами. Вона приваблива і весняними ранками, і сонячними літніми днями, і туманною осінньою порою, і вкритою взимку сріблясто-білою ковдрою.
Музей-садиба М.І. Пирогова знаходиться у тій місцині природи, яка ізольована від міського шуму і загазованості. Зі слів відвідувачів „садиба нагадує рай", де паморочиться голова від невимовно чистого повітря, духмяних пахощів та різнобарв'я квітів.
М.І. Пирогов, перш ніж придбати садибу, в лабораторії Київського університету св. Володимира вивчив хімічний склад ґрунту. Його спокусила благодатна за своєю якістю земля і чудове місце. Садиба з трьох сторін була оточена дубовим і березовим лісами, а з четвертої - розмістився великий став. Тут він мав змогу зайнятися сільським господарством, вирощуванням лікарських рослин та найулюбленіших квітів - троянд, які приносили йому душевну насолоду. В листі до О.А. Оберміллера від 27 квітня 1880 року Пирогов писав: „У мене зібрано близько 300 сортів троянд, серед них є троянди німецьких, англійських, марокканських, французьких сортів. Ці троянди я хотів би показати друзям".
Особливо любив Микола Іванович доглядати за посадженим ним прекрасним садом, де росло понад 2000 фруктових дерев, і виноградником. А ще був задоволений, коли розхвалювали вирощені ним жито і пшеницю, які так і називали - „пироговські". Микола Іванович запрошував друзів до себе на відпочинок. Ось як він пише про це, зокрема, Є.Ф. Раден: „Якщо ви відчуєте коли-небудь втому від суєти при дворі і надумаєте мандрувати заради душевного відпочинку, то оберіть напрямок південно-західний і подаруйте мені щастя бачити вас в моєму маєтку і зустріти вас на станції залізничної колії Вінниця.
Я віддам вам у повне розпорядження мій виноградник з франкенталерним виноградом і мої кущі, доглядом за якими я в цю хвилину зайнятий"'.
Проте найголовнішим заняттям Пирогова був прийом і лікування хворих та турбота про їх здоров'я. Він створив першу на Поділлі лікарню, особисто довів необхідність надання медичної допомоги сільському населенню і показав, як її слід організовувати.
Гарні результати лікування вражали і самого Миколу Івановича. Він пояснював це тим, що хворі були розміщені в селянських хатах, і правильно організованою медичною допомогою. Саме тут він довів визначну роль організації медичної допомоги при лікуванні сільського населення. Хворих до ”чудесною лікаря" було досить багато, вони тягнулися до нього з усього південно-західного краю і з більш віддалених місцевостей.
Господар садиби, знаючи про цілющу силу рослин, широко використовував їх при лікуванні хворих. Адже більш як третина ліків, які він застосовував у своїй практиці, рослинного походження. Фармацевтична рецептура Пирогова була у різних лікарських формах: настоях, порошках, мазях, різноманітних зборах трав, так званих складних ліках і ін.
У парку меморіальної садиби ростуть дві пишні красуні - ялини. Це їх понад 140 років тому Микола Іванович посадив власноручно. Люди до цього часу вірять у чудодійну силу пироговських ялин, намагаються доторкнутися до їхніх могутніх стовбурів. Ялинову смолу (живицю) лікар використовував у своїй багаторічній практиці як ранозагоювальний, знеболюючий засіб та при нервовому збудженні.
Під час Кримської війни (1853 - 1856 рр.) Микола Іванович використовував напій живиці молодих пагонів при цинзі і як хороший вітамінний засіб.
Розкішно почувають себе в пироговській садибі кущі бузини чорної, пахощі якої при цвітінні розповсюджуються далеко. Чай із квітів бузини Пирогов використовував при лікуванні хворих як потогінний засіб і пити його радив гарячим. Сам теж звертався до цілющого бузинового напою. Бузину у складі з ромашкою, липовим цвітом - радив для полоскання горла.
Навколо будинку, що нині є головним корпусом музею, зеленою ковдрою розстелився барвінок. Препарати з цієї рослини Микола Іванович використовував у своїй лікарській практиці як в'яжучі, кровозупиняючі, ранозагоювальні, протимікробні, послаблюючі, знеболюючі, загальнозміцнюючі, судиннорозширюючі засоби.
На території меморіальної садиби є чудове місце, де любив прогулюватися та відпочивати патріарх вітчизняної медицини. Мова йде про липову алею. Старі вікові липи пам'ятають чудесного лікаря, пацієнтів, що приходили до нього з усіх усюд за допомогою. Тому-то він ні на мить не розлучався зі своїм кишеньковим хірургічним набором.
В арсеналі ліків Миколи Івановича були листя і квіти липи, які з глибини віків вважаються дуже ефективним і лікувальним засобом. Як потогінний, він радив хворим вживати чудодійний липовий чай.
З давніх-давен слов'яни вважали липу священним деревом і оточували її особливим культом. До речі, іконостас в церкві-некрополі М.І. Пирогова теж виготовлено з липи. Рослинний світ садиби своїм багатством і розмаїттям вражав пацієнтів, а чисте повітря зцілювало їх від недугів. Нерідко у класичній літературі Пирогова зустрічаємо його поради хворим і пораненим, поряд із вживанням ліків, якомога більше бувати на свіжому повітрі, яке благодійно впливає на слабкий організм.
Збереглася також криниця, вода якої має цілющі властивості.
На території садиби у 1947 році встановлений пам'ятник М.І. Пирогову. Справа біля центрального входу відвідувачів музею зустрічає пям'ятна стела, споруджена з нагоди 100-річчя вітчизняного Товариства Червоного Хреста, основоположником якого був М.І. Пирогов.