Долгое время в исторической литературе и краеведческих исследованиях крепости Богородицкая и Новобогородицкая считались разными объектами. Первую связывали с началом города Новомосковска, а остатки укреплений второй в различных справочниках указывались на территории поселка Шевченко г. Днепропетровска. В летописи Самийла Величко, который долгое время служил в гетманской канцелярии и был современником описываемых событий достаточно подробно говорится о плане великих государей построить на р.Самаре город для содержания в нем оружия, продовольствия, фуража и других, необходимых для организации похода в Крым припасов. С этой целью гетману И.С.Мазепе от имени царя была направлена ??грамота с распоряжением ранней весной 1688 выступить в поход чтобы на приграничных с Гетманщиной запорожских землях возле старинного казацкого городка Самар построить крепость.
Поход казацких полков из Гетманщины в городок Самар начался сразу же после того, как появилось достаточно травы для выпаса лошадей и волов. Туда же с небольшим войском двинулся русский воевода Л. Р. Неплюев. Известный историк XIX в. Н. И. Костомаров в монографии «Мазепа» пишет: «С ранней весны 1688 взялись за построение городков согласно статье договора, утвержденного на избирательном совете. Важнейший из этих городков на берегу Самары начато было в марте, а закончено к августу того же года. Кто непосредственно строил Богородицкую (Новобогородицкую) крепость? Н. И. Костомаров на основании исторических источников утверждает, что царское правительство планировало осуществить строительство руками украинского простонародья (крестьян и мещан) ближних полков Гетманщины, но гетман Мазепа учел, что нельзя крестьян и мещан отрывать от летних полевых работ, а потому набрал казаков из шести полков. Работой занято было до двадцати тысяч рук. Городок этот был расположен на российской стороне реки Самары выше Свободного Брода и ниже другого брода, называемого Песчаным». То есть, фактически крепость строили руками казаков Гетманщины под руководством гетмана Мазепы. Еще раз воспользуемся свидетельству современника описываемых событий летописца С.Величко: «Его строило в течение всего тогдашнего лета по распоряжению и под наблюдением инженера-немца, присланного из Москвы, исключительно казачье войско, и, как положено, сделало все и прочно уфортификовало, а войско Неплюева то город не строило». Строителем крепости был голландский инженер-полковник фон-Залин (Фонзалин). Акцентируем на этом внимание потому, что в 1988 г. органы г.Новомосковска, вопреки возражениям местных краеведов и почти тайно от ученых и краеведов областного центра, организовали фальшивый 300-летний юбилей своего города. И «закрепили» дату основания города (1688 г.) время строительства Богородицкой крепости и заложили памятный камень у казацкого Троицкого собора, а на камне выбиты слова из отписки воеводы Л.Р.Неплюева царям: «Мы, холопы твои ... "Таким образом, и дата фальшивая, и строителями крепости представлены другие люди. В августе 1688 строительство крепости было, в основном, завершено. В середине площади, образованной крепостными валами, была «построена деревянная церковь во имя Живоносного Источника Пресвятой Богородицы, почему и городок назван было Новобогородицкой ». Кроме церкви, в крепости были и другие постройки: двор для воеводы, 260 просторных домов, 2 пороховых погреба, 1 ледник и 1 баня, рубленый, а также 17 раскатов орудийных, 17 плетеных сараев для полковых припасов, в том числе 3 сарая с Байдачных досок, 7 дворов с шестью домами (в том числе две светлицы) гетмана Мазепы, генеральной старшины и полковников. Вокруг крепости был «вырыт ров шириной с одной стороны от поля, с другой - 1,5 сажени, глубиной от реки Самары 1,5 саженей и столько же с другой стороны: на проездах этой крепости сделаны были рвы мощеные; через рвы навязанные мосты с надолбами, а внизу сваи вбиты деревянные. Кругом и крепость валовая имела 1641 саженей. Сам город вокруг мало земляного окопа 600 сажен, в подошве 18 саженей, высота его валов до щита включала в себя 2 сажени; высота щита извне 0,5 сажени, изнутри 1 сажень, глубина рва - 3 сажени».
В крепости должен был находиться воевода с войском и служилые люди: дьяк, подьячий, аптекарь, голова. Всем им предназначалось денежная и хлебная (рожь, мука, сухари, рыбий жир, пшено, соль, овсяная мука или толокно, крупа гречневая) плата.
По своему прямому назначению Богородицкая (Новобогородицкой) крепость была использована уже следующей весной. Второй Крымский поход начался в марте 1689 года. Учитывая заслуги в сооружении крепости, гетман Мазепа в 1700 году просил царя Петра I отдать «под его регимент» (управление) город Новобогородск со всеми жителями, за исключением служебных людей, которых предлагал «вывести в другие города». Однако крепость осталась в воеводском управлении. В 1703 г. в связи с требованием запорожцев разрушить крепости в их владениях на Сечь был послан стольник Ф.Протасьев с грамотой.
После Полтавской битвы, потерпев поражение, шведы и их союзники-левобережные и запорожские казаки, уцелевшие после кровавой битвы, оказались в Молдавии, которая тогда была вассалом Османской империи. После смерти Мазепы, в Бендерах гетманом был избран Орлик. Русский царь Петр I сделал неудачный боевой поход в Молдавию. Но вынужден был заключить мирный договор с Османской империей. И в обмен на разрешение вывести из Молдавии свои войска с артиллерией и обозом царь согласился на возвращение туркам Азова и уничтожения крепостей на юге, построенных для борьбы с татарами и турками. В список, подлежащих разрушению крепостей, рядом с Кодаком и Каменный Затон, попала и Богородицкая (Новобогородицкая) крепость. По указу Петра I в том же 1711 г. Богородицкая крепость была разрушена.
Возрождение Богородицкой (Новобогородицкой) крепости относится ко времени русско-турецкой войны 1735-1739 гг. Присоединение к России Крыма в 1783 г. и окончательное подчинение Северного Причерноморья устранило потребность в существовании крепостей. А перенос строительства губернского города на высокий правый берег Днепра на месте казацкой слободы Половицы окончательно определило судьбу Богородицкой (Новобогородицкой) крепости. Она постепенно разрушалась, как место строительства Екатеринослава-1. Однако она осталась частью нашей истории. Как сама крепость, так и более древний городок Самар и поздний Екатеринослав-1-должны изучаться по архивным и археологическим данным, а остатки укреплений - сохраняться.