Основан Мгарский монастырь в 1619 году на средства княгини Раины Могилянки Вишневецкой и построенный митрополитом Исайей Копинским (тогда игуменом Густынским и Подгорский).
По легендам, монастырь на этом месте существовал еще до татарского нашествия XIII века. В 1692 году на месте деревянной церкви, на средства гетманов Ивана Самойловича и Ивана Мазепы, и по проекту талантливого виленского зодчего Иоганна-Баптиста Зауэра (Иоанна Баптиста - автора Троицкого собора в Чернигове) в содружестве с местными мастерами М.Томашевським и А. Пирятинским был построен каменный Спасо-Преображенский собор.
1785 году на месте, где любил уединяться Афанасий Лубенский, патриарх Цареградский (позже прославленный как святой) была построена колокольня. До 1917 года в монастыре сохранялись его святые мощи. Патриарх который здесь умер, возвращаясь из Москвы в Константинополь. Святитель Афанасий причислен к лику святых в 1662 году. Сейчас мощи его находятся в Благовещенском соборе Харькова.
В росписи монастырских построек принимал участие украинский художник И. Максимович.
Мгарский монастырь всегда играл выдающуюся роль в духовной жизни Украины. В 1622 году известный церковный деятель Исая Копинский создал здесь братство, активно противостояло окатоличиванию левобережных украинцев.
Население монастыря состояло в основном из бывших запорожских казаков. В 1663 году в монастыре под именем монаха Гедеона находился сын Богдана Хмельницкого, Юрий.
С 1737 года игуменом, а с 1744 года первым архимандритом монастыря был будущий святитель Иоасаф (Горленко), епископ Белгородский.
На территории монастыря похоронены Константинопольский Патриарх Серафим, киевский митрополит Иосиф, архиепископы Тобольский - Амвросий (Келембет) и Полтавский - Мефодий Пековський.
В XVII-XVIII веках здесь была создана Мгарськая летопись.
При монастыре был основан скит с церковью Благовещения Пресвятой Богородицы.
В 1889 году по благословению епископа Полтавского Илариона было решено на холме монастырского сада вместо часовни построить церковь, а местность, окружавшая курган, отделить от монастырского сада каменной стеной, поставить забор и дать этому месту название и значение монастырского скита. 25 сентября 1891 (день памяти преподобного Сергия) состоялось освящение новой церкви.
Монастырь в свое время посетили почти все гетманы Украины, многие из которых жертвовали значительные средства на ее содержание. Среди меценатов монастыря отличился Людвиг Дант, принц Гессен-Гамбургский. Здесь побывали Петр, Пушкин, Шевченко, почти все классики украинской литературы ХIХ-ХХ веков.
Монастырь существовал до 6 августа 1919 года, когда большевики расстреляли монахов во главе с игуменом Амвросием. Новомученики похоронены за алтарем скитской церкви.
Позже на территории бывшего монастыря была детская колония, с 1937 года - дисциплинарный батальон, с 1946-го - военные склады, а 1985-го монастырские постройки передали под пионерский лагерь.
Годы осквернения привели к запустению монастыря. Здесь сохранились: разграблен Преображенский собор, колокольня; кельи XVIII века
Благовещенская церковь, превращенная в кухню.
В мае 1993 года в Мгарской обители возрожден мужской монастырь.
Увидеть Мгарский монастырь можно экскурсии «Сорочинская ярмарка», «Мистика Гоголевских мест».