Бахчисарайський заповідник створений у 1990 р. на базі Бахчисарайського історико-архітектурного музею. Установа створена з метою охорони історико-культурної спадщини гірських і передгірних місцевостей Південно-Західного Криму в межах Бахчисарайського району і охоплює територію кілька більше 3000 га. Призначення заповідника - використання рухомих і нерухомих пам'яток цього історико-географічного регіону в сфері вивчення матеріальної і духовної спадщини народів Криму.
Музей в Ханському Палаці був заснований Усеіном Боданінським - відомим кримсько-татарським діячем науки і мистецтва. Бахчисарайський Ханський Палац - пам'ятка архітектури XVI-XVIII століть. Після анексії Криму Росією останній кримський хан покинув Бахчисарай. «Бахчисарай» перекладається з кримськотатарської мови як «палац-сад».
В кінці 1917 р. Боданінський домігся від Тимчасового уряду розпорядження про створення в Ханському палаці музею. На посту директора Музею тюрксько-татарської культури (згодом - палацу-музею Бахчисараю) Боданінський знаходився до 1934 р. За недовгий час він встиг провести велику роботу по формуванню колекцій музею, організувати декілька археологічних і етнографічних експедицій, перетворити Палац на науковий центр і популярний екскурсійний об'єкт. В 1934 р. Боданінського усунули з посади, а в 1938 р. розстріляли в Сімферополі поряд з іншими видатними діячами кримськотатарського культурного відродження.
До складу Заповідника входять декілька музеїв: Музей історії і культури кримських татар, Музей археології та «печерних міст», Художній музей, а останнім часом презентовані нові експозиції, у тому числі Велика ханська мечеть, що являє собою оригінальний інтер'єр ханських часів.
В ханській ложі Великої ханської мечеті - єдиному приміщенні палацу, де збереглися унікальний розпис стін, барельєф, вітражі і різьблені плафони, відкрита виставка «Рукописний Коран, його коментарі і хадиси в колекції Бахчисарайського історико-культурного заповідника».
У канцелярії ханського палацу вперше представлене генеалогічне дерево кримських ханів династії Гераїв, що правили в Криму з 1441 по 1783 роки. Нові копії документів, підписаних правителями Кримського ханства, з'явилися і в залі диванів палацу.
Крім музеїв можна побачити на території заповідника печерне місто Чуфут-Кале, де знаходяться пам'ятники матеріальної культури кримських татар і караїмів, а також печерні міста-фортеці Мангуп-Кале і Ескі-Кермен.