Бахчисарайский заповедник создан в 1990 г. на базе Бахчисарайского историко-архитектурного музея. Учреждение создано с целью охраны историко-культурного наследия горных и предгорных местностей Юго-Западного Крыма в пределах Бахчисарайского района и охватывает территорию больше 3000 гектаров. Назначение заповедника - использование подвижных и неподвижных памяток этого историко-географического региона в сфере изучения материального и духовного наследия народов Крыма.
Музей в Ханском Дворце был основан Усеином Боданинским - видным крымско-татарским деятелем науки и искусства. Бахчисарайский Ханский Дворец - памятка архитектуры XVI-XVIII веков. После аннексии Крыма Россией последний крымский хан покинул Бахчисарай. «Бахчисарай» переводится с крымскотатарского языка как «дворец-сад».
В конце 1917 г. Боданинский добился от Временного правительства распоряжения о создании в Ханском дворце музея. На посту директора Музея тюрко-татарской культуры (впоследствии - Бахчисарайского дворца-музея) Боданинский находился до 1934 г. За недолгое время он успел провести большую работу по формированию коллекций музея, организовать несколько археологических и этнографических экспедиций, превратить Дворец в научный центр и популярный экскурсионный объект. В 1934 г. Боданинского отстранили от должности, а в 1938 г. расстреляли в Симферополе наряду с другими выдающимися деятелями крымскотатарского культурного возрождения.
В состав Заповедника входят несколько музеев: Музей истории и культуры крымских татар, Музей археологии и «пещерных городов», Художественный музей, а в последнее время презентованы новые экспозиции, в том числе Большая ханская мечеть, которая являет собой оригинальный интерьер ханских времен.
В ханской ложе Большой ханской мечети - единственном помещении дворца, где сохранились уникальная роспись стен, барельеф, витражи и резные плафоны, открыта выставка «Рукописный Коран, его комментарии и хадиси в коллекции Бахчисарайского историко-культурного заповедника».
В канцелярии ханского дворца впервые представлено генеалогическое дерево крымских ханов династии Гераев, которые правили в Крыму с 1441 по 1783 года. Новые копии документов, подписанных правителями Крымского ханства, появились и в зале диванов дворца.
Кроме музеев можно увидеть на территории заповедника пещерный город Чуфут-Кале, где находятся памятники материальной культуры крымских татар и караимов, а также пещерные города-крепости Мангуп-Кале и Эски-Кермен.